得意先マスタには統制勘定を1つしか登録できませんが、
取引によって計上する勘定が異なる場合はどう対応したらよいですか。

伝票登録画面で「代替統制勘定」を選択してください。

会計伝票を直接登録する場合は、伝票登録時に勘定コードを「G／L勘定」の項目からプルダウンで選択できる機能があります。（代替統制勘定）

販売管理の請求書処理では会計伝票が自動転記されますが、登録時点で、条件に応じた勘定コードを自動選択させる機能があります。（統制勘定コード決定）